林間的天籟
位於山、海交界處的柴山，擁有豐富的林相與鳥種，過去紀錄到的鳥類多達127種，包括水鳥與山鳥，常見鳥類有黑枕藍鶲、老鷹、大冠鷲、綠繡眼、繡眼畫眉、山頭紅、台灣畫眉、五色鳥、小彎嘴、褐頭鷦鷺、白頭翁、魚狗、白環鸚嘴鵯等，天空中也可看到盤旋的鳳頭蒼鷹。由於壽山鄰近都會，也會出現各種籠中逸鳥和外來種鳥類。擁有斑斕色彩的八色鳥和畫眉的歌鳴聲，都常令賞鳥人士流連林中。
林昆海常引導學員掄起望遠鏡，觀察在林蔭間躍動的身影，他表示，白腰鵲鴝已是壽山常見的鳥種，雖然是外來種，但牠的外表亮麗，鳴唱聲優美、多變、並擅長模仿其他鳥類或動物的聲音，十分吸引人。它的出現應是籠中逸鳥，但也有專家認為牠的快速繁衍可能嚴重危害台灣的本土物種。
柴山最大的家族
柴山植被屬於「亞熱帶季風林」及「熱帶海岸林」，林昆海指出，它的主要特徵便是具有豐富層次的植被帶，天然的植被生長於珊瑚礁、土壤瘠薄處及小山溝間，原始天然植群以多藤蔓、淺根系、部分氣根或帶針刺，尤以桑科榕屬的植物最具代表性，全區皆可見，在高位珊瑚礁岩中，延伸其地下根及氣根來支持寬廣樹冠，屬於熱帶雨林特徵，也形成了像九榕園、泰國谷等榕樹盤根錯節的景觀風貌。
柴山也有許多珍貴的稀有植物，像是毛柿、台灣海棗、菊花木、恆春風藤、鵝鑾鼻燈籠草、松葉蕨等，不是隱匿在岩壁及山坡，就是匐匍在山徑不起眼的角落，只有極少數的生態觀察者才能辨識出他們的身份。因為部分地區長期軍事管制，林相較少受到破壞，有學者指出，柴山上有台灣密度最高、分布最廣的山豬枷灌木叢。
而造型奇特的魔芋家族，在柴山常見的則有台灣特有種的台灣魔芋和可以高達兩公尺的密毛魔芋，都是生態教學裡十分受歡迎的主角。