在市府著手重大交通建設的同時，寧靜的生態復育行動也同步展開。
生態復育營造優質環境 表現亮眼
其中，工務局辦理的愛河溯航計畫「愛河之心」的表現相當出色。從95年開始，「愛河之心」就在全國18縣市激烈競爭下，脫穎而出獲得「96年度城鎮地貌改造—創造台灣城鄉風貌」競爭型計畫補助1億元，並拿下2008「國家卓越建設獎─優良環境文化類」最高榮譽的卓越獎，獲邀參加明年的全球卓越建設獎，以及榮獲「2008建築園冶獎─公共景觀獎」。
屢獲佳績，顯示「愛河之心」已成為城鄉風貌景觀改造的優良典範。由於它正好位於三民一號公園內，市府特地開發人工湖、陸運及水運等交通轉乘，並在設計空間美學上，型塑成如意形狀的人行自行車橋，串連愛河動線，讓遊客可飽覽河面美景；同時延伸「愛之船」航線上溯到博愛路側，為北高雄與愛河接觸的視覺景觀增色，增加觀光效能，還兼具生態池功能，堪稱是全國唯一結合藍色水路觀光、生態及遊憩河川改造的典範，理所當然成為全台民眾假日遊憩休閒的熱門景點。
此外，獲得2008「國家卓越建設獎─最佳規劃設計類」優質獎肯定的「高坪特定區公5開闢工程」，是聯結高雄南北地區與大坪頂綠色網絡的重要區域。位於小港大坪頂特定區的高雄市熱帶植物園，也是陳菊市長相當重視的施政之一，市府已編列預算2億元進行開發，第一階段含公4、公5公園，佔地23.74公頃，工務局預計在2009年7月底前，也就是世界運動會前完成。第二階段將擴及公6、公7，和鳳山水庫形成面積達114公頃的自然生態園區。
屆時當地除將成為小港地區最具發展潛力、最美的區塊；同時也會是都會區中最傲人的熱帶植物園區。園中不僅規劃環狀步道及觀景平台，並導入「森林遊戲場」主題，方便市民健行及遠眺高雄市景觀，也讓當地成為熱帶林植被景觀的休憩空間。
開闢完成之後，自北高雄的援中港濕地、凹子底原生植物園、洲仔濕地接續往南的飛翔公園及熱帶植物園，可串連成一條生態廊道，成為高雄發展生態旅遊的利基，將提升當地居民生活品質，並吸引建商投資意願，提升週邊生活機能。