「海」是整部電影很重要的背景元素，主角家中的窗戶可以一覽美麗海景、小男孩在礁岩海岸上遠眺海洋思念父親，或是一家人在海邊玩水的昔日快樂時光……透過「海洋」的意象，導演希望讓沉重的議題，能如海一般寬廣而充滿包容，水的溫柔、大海的溫暖色調，也展現在整部電影的視覺風格與氛圍之中。
取景高雄：溫暖、熱情的海洋城市
全片主場景位於高雄柴山海岸，主角一家住在靠近西子灣的面海小山坡上，由於交通不便，劇組需要每天揹著沉重器材爬上半山腰；為了表現海洋的廣闊，劇中特地使用空拍機來捕捉畫面，但因為取景地鄰海，劇組受到颱風的影響也特別大，像是出海拍攝不僅要克服風浪等天候因素，還得面對暈船的痛苦，過程十分艱辛。
不過，《心靈時鐘》的電影拍攝，也在高雄獲得各方面的協助，從高雄市政府的支持，到上街拍攝時熱心又高配合度的高雄民眾，都令導演印象深刻。導演蔡銀娟表示自己十分喜歡高雄，除了美麗的風光與好天氣，高雄人更是非常溫暖與熱情。而李志薔監製本身是高雄人，對高雄深厚的情感，使他最後找到柴山這處鮮為人知的秘境海岸，讓觀眾有機會一窺保留原始風貌的礁岩海灘美景。
《心靈時鐘》是專屬高雄這座海洋城市的故事，藉由導演溫柔的鏡頭，深入理解失親遺族的內心世界，讓海浪洗滌痛失至親的哀愁，在海岸邊，學習用愛告別。