由於萬巴德醫師在打狗期間，對熱帶地區寄生蟲與醫學的研究影響後世醫學甚鉅，因此被尊崇為「熱帶醫學之父」；到了1886年，當時負責的梅爾醫師將醫館擴建後，為了紀念萬巴德醫生的貢獻，將醫館命名為「慕德醫院」，慕德醫院附設有醫學課程，課程內容包括解剖學、生理學、基礎化學、一般外科等，筆試及格後需到香港或上海接受醫學委員會的考試，然後再回慕德醫院實習一年，修習更多學科，才算完成整個學程，過程相當嚴謹，也因此當時只有一位台灣本地學生畢業。而這家沿著馬雅各醫生足跡成立的慕德醫院，可說是台灣第一所醫學院，那位本地畢業生林晟，則是台灣第一位獲得英國文憑的醫生。這些過程都對台灣後來的醫療發展有著深遠的影響。
影響所及 跨越時空
其實馬雅各醫生的貢獻不僅止於醫療與宗教信仰，在提升民眾知識水準與保存地方文化，他同時對台灣做出了相當的貢獻。當時一般居民識字者不多，基督教會為了推廣教義，因此發展出以羅馬拼音（當時稱「白話字」）翻譯新約聖經，在馬雅各醫生的推廣下，不論漢人或平埔族原住民，許多人都學會了用自己的母語發音來閱讀；由於「白話字」的逐漸普及，也使得1875年抵台接替馬雅各醫生工作的巴克禮，得以有條件發行台灣的第一份報紙──《台灣府城教會報》。
1870年馬雅各醫生返回英國，因為脊椎疾病而休息，直至1884年又與妻子重返台灣，可惜這次只在府城待了一年左右，就因妻子染病回國。他在台灣前後共停留7年9個月，這段期間不但訓練了不少本地醫生、傳教士，建立不少平埔族和漢族的教會，也設立了數間醫院。
值得一提的是，馬雅各的兩個兒子在他的影響下，長子馬約翰(Jhon Praston Maxwell，1871～1961)在中國大陸行醫，次子馬雅各二世(James Laidlaw Maxwell Jr.，1873～195l)則跟隨父親的腳步來到台灣，擔任台南新樓醫院院長，且終生在台灣服務。