2005年6月陳其邁代理市長延續前市長謝長廷施政計劃，將1~22號碼頭開闢為文化商港區，現已將愛河出海口的12號碼頭地景再造完成為「市港濱海公園」。2005年10月底軍方遷出騰空，市府接手後，將11~15號碼頭及第三船渠做簡易綠化。2007年，1~22碼頭圍牆拆除，逐步改建人行木棧道、腳踏車道、花園等，讓市民更親近的體驗高雄港、市之美，將持續進行整體的水岸改造，朝文化休憩專區發展。
其中16、17號碼頭也已規劃為高雄流行音樂中心使用，期與週邊多功能經貿園區內的軟體科技園區、世貿國際會展中心、公廣集團南部分台等，形成產業聚落，帶動經濟發展。
至於臨第二港口的第六貨櫃儲運中心位於大林商港區，是洲際貨櫃中心，陽明海運已取得開發許可，作為深水貨櫃碼頭，迎合全球船舶大型化發展需求；因應洲際貨櫃中心開發工程，去年市府完成了紅毛港遷村，而為保存紅毛港文物構件等文化資產，利用原為信號塔台，現已停止使用的南高字塔為基地，規劃紅毛港文化園區，以保存紅毛港的前世今生。
隨著市府對愛河、前鎮河等河川的整治成功，以及對各項文化、休閒設施的積極修建，高雄市逐漸擺脫多年來「工業重鎮、文化沙漠」的刻板印象；更關鍵的是高雄市在2004年5月成功取得2009年世界運動會的主辦權，已朝未來百年「全球化高雄」的目標大步邁進。
回首百年來的高雄港風雲，可以發現歷史有一定軌跡可循，但人為因素卻往往能左右很多關鍵的面向。高雄港依然「吞吐」過往和未來，但意涵卻大不相同，歷史會繼續忠實地呈現，屬於高雄港的一切。